El título japonés de la serie, ??????????? (Shin Seiki Evangerion) consta de dos partes: (???, 'Shin Seiki'? lit. «Nueva era» o «Nuevo siglo») y "Evangelion", del griego clásico ?????????? (hispanizado, eüanguélion: evangelio, «buen mensajero», «buena nueva»). El título Evangelion etimológicamente no tiene nada que ver con la palabra hebrea Eva (viviente). Con todo, el título Neon Genesis Evangelion significa mensajero del nuevo comienzo.
