La trama se desarrolla en el año 2039, 10 años despues que Japón fuera atacado por una mortal pandemia, que los llevó a ser dependientes de naciones extranjeras que ahora lo controlan a cambio de la ayuda.Shu Ouma es un chico de secundaria con serios problemas para relacionarse con la gente que vive en la sitiada ciudad de Tokio, a la espera de que algo cambie, aunque él no hace nada para lograrlo. Llegando a casa descubre a una hermosa y extraña chica llamada Iori que está malherida y tiene consigo un especial objeto que debe hacer llegar a toda costa a Gai, el líder de la resistencia.Aunque Shu no lo quiera, se verá involucrado en una lucha de la que no quería formar parte y descubrirá cosas sobre si mismo que le cambiarán la vida.
