La historia de Kurokami trata la historia de un programador de videojuegos de nombre Keita Ibuki. Éste se encuentra con una chica de nombre Kuro que resulta ser un Mototsumitama, seres divinos encargados de mantener el equilibrio de la existencia. Mientras cuidaba de ella, son atacados. A causa del ataque Keita pierde un brazo que es regenerado por Kuro así que se crea un lazo entre ambos. Kuro parece saber la razón por la que murió la madre de Keita cuando éste era pequeño. Y alli empiezan una saga de aventuras hasta descubrir un secreto oscuro de Kuro.
