Moretsu Pirates plantea una historia de aventuras situada en la lejana galaxia de Uminoakeboshi, que girará alrededor de Marika Kato, una chica de secundaria que trabaja medio tiempo en un café. La trama toma un giro cuiando la tripulación del "Bentenmaru" entra en escena, y es que esta nave pirata perteneció al padre de Marika ahora muerto, y por lo establecido desde que el "Bentenmaru" empezó su "trabajo", el nuevo capitan será aquel que sea descendencia directa del anterior capitan. Así es como nuestra protagonista deberá hacerse cargo de la nave y las aventuras empezaran a surgir mientras Marika se divide entre la escuela y la piratería.
