Luego de 3 años de duro entrenamiento con Jiraya, Naruto regresa, con una madurez aparente, hasta que Sakura nota que es el mismo de siempre, Sakura paso los 3 años entrenando con Tsunade para convertirse en una Ninja Médico, Sasuke entrenando en las guaridas de Orochimaru. Gaara del Desierto, el colega de naruto (Ambos son Jinchûriki's) se volvio Kazekage, y sin saberlo aun, Naruto se da cuenta que todos sus compañeros son Chuunin y Jounin y él, el único Genin de su generacion. Mientras Konoha recupera fuerzas Akatsuki mueve sus fichas, decide ir por los Jinchûrikis para extraerles los Bijû's que albergan, hasta que se descubre que el lider de Akatsuki es un Antiguo Enemigo, Uchiha Madara que planea llevar a cabo la 4ta Gran Guerra Ninja y Naruto tendrá que revelar nuevos secretos y aprender nuevas técnicas para poder ir avanzando en su desarrollo como Ninja.
