Persona Trinity Soul se desarrolla 10 años despues de los sucesos de el videojuego de PS2 Shin Megami Tensei: Persona 3 En la ciudad de Ayanagi, una ciudad cercana al mar de Japon, la policia investiga una misteriosa enffermedad que asota la ciudad, el Sindrome de Apatia, asi como tambien los misteriosos casos Reverse. Mientras tanto los hermanos Shin (17) y Jun (14) Kansato se ven forzados a mudarse con su hermano mayor Ryou (28) tras la muerte de su tia. Sin embargo su hermano, ahora jefe de la policia, luego de 10 años de no verlos, o los recibira con el entusisasmo esperado. Poco tiempo despues de llegar a la ciudad los jovenes descubriran que dentro de ellos yace un ser denominado Persona. Aparentemente el terremoto que 10 años atras destrozara la ciudad de Ayanagi, los Persona, y una organizacion secreta que roba los Persona a sus poseedores se encuentran mas relacionados de lo que parece.
